Sistem aliran kebangsaan hadir di dalam masyarkat hanya agak lewat dari sistem pondok yang telah terbukti memberi impak dalam membentuk masyarakat , pengajian dan pembelajarnya pula hanya sekadar terhad di dalam kelas, sekalipun sekolah aliran kebangsaan ini mempunya hala tuju yang agak jelas tetapi tidak pula tertera pengajaran dan pembelajaran yang dihasilkan dari aliran ini benar-benar ingin memberikan sumbangan terhadap masyarakat yang mengelilingi sekolah tersebut. Ini dapat dilihat dari Falsafah Pendidikan Kebangsaan:
Pendidikan di Malaysia adalah suatu usaha berterusan ke arah yang lebih memperkembangkan potensi secara individu secara menyeluruh dan bersepadu untuk mewujudkan insan yang seimbang secara harmonis dari segi intelek, rohani, emosi dan jasmani berdasarkan kepercayaan kepada Tuhan.
Falsafah ini lebih menjelaskan secara lanjut untuk mengembangkan potensi individu tetapi tidak melibatkan mengembangkan potensi masyarakat, ini bermaksud pembelajaran dan pengajaran yang ada hanya melibatkan individu yang hadir di sekolah tersebut, apa yang berlaku di luar sekolah tidak menjadi keutamaan sekalipun segala kepincangan yang berlaku di dalam masyarakat setempat benar-benar menyesakkan nafas sesiapa sahaja termasuk golongan pendidik yang berada di sekolah aliran kebangsaan. Peranan pendidik pula terhad pada pengajaran dan pembelajaran lingkungan keluasan sekolah tersebut. Kebersamaan bersama masyarakat dalam menyampaikan ilmu pula tidak dapat dilakukan kerana hala dan tujuan tidak begitu menyeluruh walaupun setiap sekolah di aliran kebangsaan mempunyai Persatuan Ibubapa dan Guru Sekolah (PBIG), peranan yang sepatutya berfungsi seperti sekolah aliran pondok tidak dapat dipraktikkan dan masih kabur hingga kini, hanya kedengaran yuran PIBG wajib dilunaskan pada tiap-tiap tahun.
Peringkat-peringkat pengajian dan pembelajaran pondok pula terbahagi kepada tiga peringkat iaitu ibtida’i (permulaan atau bawah), thanawi (menengah) dan ‘aliyy (atas atau tinggi). Peringkat permulaan adalah peringkat bagi para pelajar yang masih baru. Mereka ini belajar menulis dan membaca di samping membaca al-Quran serta mempelajari asas-asas agama dengan menggunakan kitab-kitab Jawi yang rendah dan mudah, menghafal matan-matan Nahu dan Saraf di dalam bahasa arab serta mempelajari beberapa kitab-kitab yang berkaitan Tauhid dan Fekah.Peringkat pertengahan atau menengah terdiri daripada pelajar-pelajar yang telah pun mempunyai asas-asas pengetahuan agama Islam. Mereka menggunakan kitab-kitab Jawi yang lebih tinggi sedikit dalam semua bidang di samping mempelajari Nahu, Saraf, Bahasa Arab, Tauhid dan Fekah.
